A história se passa no mesmo mundo de Zero Kara Hajimeru Mahou no Sho, mas em um período onde a guerra entre a Igreja e as Bruxas teve fim, por mais que alguns conflitos menores ainda aconteçam. O enredo segue Sable, um jovem estudante que perdeu suas memórias pouco antes de entrar para a Academia do Reino de Wenias. Como parte do seu treinamento especial, ele é designado para combater alguns membro da resistência anti-magia, sendo acompanha por uma bruxa chamada Roux Cristasse, que busca o conhecimento proibido da magia primitiva do Grimório do Zero, por Holtz, uma garota prodígio e Kudd, o único aluno não-humano da escola.
